-Las medidas de La Gasca no fueron suficientes. Muchos arrepentidos se quedaron sin encomienda, y la abolición del servicio personal de los indios los afectó. Los descontentos hallaron un nuevo caudillo: Francisco Hernández Girón.
La desaparición de la encomienda se debió a diversos factores económicos y sociales. Además del malestar político generado por las medidas reales, la caída ...
De los levantamientos que ocurrieron a causa de la abolición del servicio personal, el más significativo fue el de Francisco Hernández Girón, que se inició en Cusco el 12 de noviembre de 1553. Hernández Girón, rico encomendero de Jaquijahuana, poco exitoso conquistador y hombre supersticioso que se hacía acompañar por adivinos, entró armado para dar pelea en una boda en la que se hallaba el corregidor Gil Ramírez Dávalos, quien tuvo que entregarse. Dueño de la situación en el Cusco, Hernández Girón se puso a escribir a varios cabildos del Perú protestando contra la abolición del servicio personal. Prometió mejorar la situación de los colonos desfavorecidos y liberar de la esclavitud a los africanos que integrasen su ejército. Hizo acuñar medallas con una inscripción en latín, que decía: «Y los pobres serán saciados» -se refería a los encomenderos (y aspirantes a encomenderos) afectados-.
Apenas supieron de la rebelión, los encomenderos de Arequipa, Huamanga y Jauja se unieron a Hernández Girón, quien logró que el cabildo del Cusco lo nombrara procurador general y justicia mayor del Perú el 17 de noviembre de 1553. De esta manera, el rebelde no tuvo problemas para atravesar la sierra y luego bajar a la costa para acuartelarse en las ruinas de Pachacámac -por consejo de sus adivinos- durante los primeros meses de 1554.
Después de permanecer un tiempo en las antiguas ruinas, decidió retroceder hacia el sur en dirección a Ica y en los arenales de Villacurí venció al ejército de la audiencia. Hernández Girón subió luego a la sierra para darle el encuentro al ejército del mariscal Alonso de Alvarado -quien, espontáneamente, decidió defender el nombre del rey-, que bajaba desde Potosí. La batalla se realizó en la quebrada de Chuquinga (Apurímac) el 21 de mayo de 1554. La victoria fue para los rebeldes, quienes luego de la batalla siguieron su marcha hacia la sierra sur. Alvarado volvió a Lima, enloquecido.
El ejército de la audiencia dejó Lima y subió hasta Jauja, Huamanga y Cusco. Hernández Girón, llevado por su superstición, se instaló en las ruinas de Pucará, donde el ejército de la audiencia, ahora dirigido por Pablo de Meneses, lo alcanzó y derrotó el 8 de octubre de 1554.
El caudillo de los rebeldes huyó y sólo fue atrapado casi dos meses después en Jauja. Una vez capturado, Hernández Girón fue trasladado a Lima, donde la audiencia lo halló culpable de traición al rey y lo condenó a muerte. Francisco Hernández Girón fue decapitado en Lima el 7 de diciembre de 1554, y su cabeza, expuesta en la picota.
Así acabó la última de las grandes revueltas civiles del siglo XVI, lo que dio lugar a un orden político-social más estable que facilitó la organización del virreinato.