Es un proceso natural de recuperación del agua a su estado anterior después de haber sufrido una alteración por el aporte de materias contaminantes. Si se produce un vertido de elementos contaminantes, se inician una serie de procesos para restaurar las condicones del río, principalmente la degradación biológica por microorganismos y también la retención de las partículas flotantes en las orillas y la decantación de los elementos pesados al fondo del mar. Pero si el vertido es de una gran magnitud, entonces el proceso de autodepuración resulta insuficiente.